Зимой 1941 г. в Брянских лесах насчитывалось несколько десятков партизанских отрядов. Обстановка требовала объединения усилий отрядов при проведении боевых операций. Секретарь Трубчевского подпольного райкома ВКП(б) А. Д. Бондаренко писал в своем обращении к подпольным райкомам: "Дорогие друзья! Пора нам объединяться. Эта задача стала теперь первоочередной. Партийным организациям нужен единый руководящий центр, а отрядам - единое командование. Обсудите этот вопрос и дайте нам свои соображения".
25 февраля 1942 г. в с. Глинном Навлинского района собрались секретари подпольных райкомов партии, командиры и комиссары партизанских отрядов южного массива Брянских лесов - всего 58 человек. Участники совещания заявили о своей готовности активизировать борьбу, о необходимости координировать действия отрядов. 11 апреля на расширенном заседании бюро обкома партии было принято постановление об объединении отрядов. Комиссаром объединённых партизанских отрядов стал А. Д. Бондаренко. Деятельность комиссара оставила глубокий след в истории партизанского движения на Брянщине.
Газета "Правда" от 2 сентября 1942 г. писала: "В рядах народных мстителей находится немало и партийных работников, принёсших сюда свой богатый опыт массовой работы. Почётнейшего звания Герой Советского Союза удостоен бывший секретарь райкома ВКП(б) Алексей Бондаренко - комиссар группы отрядов. Под руководством т. Бондаренко была проведена большая массово-политическая работа в районах, занятых врагом. Население этих районов подписалось на военный заём на миллион рублей, собрало в фонд обороны 530 000 руб."
После войны Алексей Дмитриевич находился на партийной работе. Он был депутатом Верховного Совета РСФСР двух созывов -1947 и 1951 гг., неоднократно избирался в состав Брянского областного Совета депутатов трудящихся.