Департамент здравоохранения осуществляет организацию и контроль за оказанием медицинской помощи населению, лекарственным обеспечением, за осуществлением финансово-хозяйственной деятельности областных лечебных учреждений, а также муниципальных учреждений здравоохранения.
Особое место отводится осуществлению контроля за рациональным использованием лекарственных средств в учреждениях здравоохранения, выполнению требований нормативных документов, регламентирующих обращения лекарственных средств. За период 2003-2006гг. проведено 154 проверки в ЛПУ государственной и муниципальной форм собственности.
Ежеквартально проводился анализ реестра выданных, приостановленных, аннулированных лицензий на виды деятельности, связанные с оборотом наркотических средств и психотропных веществ списков II и III. Информация о незаконной деятельности лечебно-профилактических учреждений в сфере оборота наркотических средств и психотропных веществ направлялась главам администраций Злынковского, Рогнединского, Суражского, Трубчевского районов, г. Сельцо, начальнику управления здравоохранения администрации города Брянска.
В прокуратуру Брянской области, Советского, Фокинского районов г. Брянска неоднократно направлялась информация по результатам контроля за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, выполнения целевой программы «Комплексные меры противодействия злоупотреблению наркотиками и их незаконному обороту». По представлению прокуратуры Брянской области в июне 2006 года для привлечения к дисциплинарной ответственности лиц, не принявших своевременных мер к устранению нарушений в сфере оборота наркотических средств и психотропных веществ, направлена информация главам 10 муниципальных образований (г.Брянск, г. Сельцо, г. Фокино, Дятьковского, Климовского, Комаричского, Мглинского, Погарского, Почепского, Суземского районов).
В ходе проверок установлено, что лекарственные средства и медицинские изделия приобретались учреждениями здравоохранения в централизованном порядке через открытые торги, организованные департаментом здравоохранения и фондом имущества, и самостоятельно.
Муниципальные учреждения здравоохранения находятся в непосредственном подчинении администрацией муниципальных образований, которые осуществляют контроль их финансово-хозяйственной деятельности, использование средств муниципальных бюджетов. Поэтому вся работа по руководству и контролю за обеспечением медицинской помощи населению департаментом здравоохранения осуществляется совместно с администрациями муниципальных образований.
Так по результатам проверки Стародубской ЦРБ в 2005г. материалы были переданы в администрацию района и районную прокуратуру о правонарушениях при оформлении рецептов на получение бесплатных лекарств. Результатом расследования стало привлечение врача Семенцова А.Н. к уголовной ответственности. Однако, несмотря на проводимую работу по недопущению правонарушений в сфере здравоохранения количество последних, по информации УВД, в последние годы имеют тенденцию к росту.
Имеют место факты поборов, взяток. Особенно за необоснованную выдачу больничных листков. К лицам, допускающим подобные правонарушения, применяются как меры дисциплинарного взыскания, так и уголовной ответственности. Для устранения причин и условий способствующих свершений приступных действий в учреждениях здравоохранения, необходима настойчивая совместная работа органов управления здравоохранением, властей муниципальных образований и правоохранительных органов. Систематической оперативной информации о нарушениях законодательства в лечебных учреждениях и лицах привлеченных к ответственности от правоохранительных органов в департамент не поступает.