Важнейшим направлением в работе Брянской таможни является экономическая деятельность. В 2007 году в федеральный бюджет перечислено 8 с половиной миллиардов рублей, что на 800 миллионов рублей больше, чем в 2006 году.

Внешнеторговый оборот увеличился на 44,6% по сравнению показателем 2006 года и составил 1 миллиард 671 миллион долларов США.
Основу импорта составили изделия из черных металлов, щебень, упаковочные материалы, экспорта — локомотивы, вагоны, путевое оборудование и запасные части к ним. Необходимо отметить значительное, на 16,6%, увеличение количества оформленных грузовых таможенных деклараций.
Несмотря на трудности, связанные с увеличением грузопотока и товарооборота, должностные лица Брянской таможни успешно справляются со всеми поставленными задачами, находят решения для всех проблемных вопросов.

Брянская таможня является пограничной, осуществляет прикрытие 976 км таможенной границы Российской Федерации. В регионе деятельности таможни функционируют 4 автомобильных, 1 железнодорожный, 1 авиационный пункты пропуска, 4 пункта принятия уведомлений.
Поэтому Брянской таможне, вопросам обеспечения ее деятельности, уделяется особое внимание со стороны Центрального таможенного управления, Федеральной таможенной службы.

Выделяются необходимые средства для размещения таможенных органов на площадях, являющихся федеральной собственностью. Проводится работа по оптимизации количества таможенных постов, их укрупнению, создаются новые отделы таможенного оформления. Постановлением правительства Российской Федерации выделена дополнительная штатная численность для создания в Брянской таможне специального кинологического отдела.
Начато строительство нового служебно-производственного здания таможни по ул. Крахмалева. Выполнены землеустроительные работы по уточнению границ земельного участка под строительство нового МАПП «Погар», по определению и утверждению границ земельного участка под проектирование и строительство нового МАПП «Новые Юрковичи».

В 2007 году получено по разнарядкам ФТС России 24 единицы автомобильной и специальной техники, а уже в январе 2008 года выделено 11 единиц автомобильной техники.

Таможенный пост МАПП «Троебортное», расположенный на федеральной трассе «Москва-Киев», одним из первых в системе таможенных органов России был оснащен стационарным инспекционно-досмотровым комплексом. В декабре 2007 года Брянская таможня получила мобильный инспекционно-досмотровый комплекс и передвижной рентгенотелевизионный комплекс, которые планируется ввести в эксплуатацию уже в начале 2008 года.
Важной составляющей работы Брянской таможни является правоохранительная деятельность. Брянская таможня была и остается одной из лучших таможен региона по вопросам борьбы с контрабандой и нарушениями таможенных правил. Лидером по выявлению фактов контрабанды и административных правонарушений является Володарский таможенный пост.

В 2007 году по статье 188 Уголовного кодекса по фактам контрабанды возбуждено 368 уголовных дел. Из незаконного оборота изъято 434 килограмма наркотических веществ, 2 единицы оружия и 350 боеприпасов.

В регионе деятельности Брянской таможни проводились специальные операций и мероприятий, такие как — спецоперация «Лес» (направленная на пресечение незаконного вывоза из России леса и лесоматериалов), спецоперация «Металл» (направленная на пресечение незаконного перемещения через таможенную границу Российской Федерации черных и цветных металлов) и другие спецоперации. По их результатам возбуждено 9 уголовных дел.

В рамках проводимых совместно с УВД Брянской области, УФСКН по Брянской области, ПУ ФСБ России по Брянской области, УФСБ России по Брянской области специальных операций: «Транзит-2007», «Фармацевт», «Мак», «Караван-Авто», «Канал» — возбуждено 102 уголовных дела.

Таможня вносит большой вклад в дело сохранения культурного и исторического наследия государства. Изъято 340 предметов, отнесенных к культурным и историческим ценностям. Все они безвозмездно переданы соответствующим учреждениям Брянской области.

В Брянской таможне выполняются мероприятия по реализации аналитической программы «Борьба с проявлениями коррупции и должностными преступлениями в таможенных органах на период 2007-2009 годы».

Брянская таможня в полной мере участвует в общественной жизни Брянской области, своего родного края, живет его заботами и нуждами.
Во исполнение Ведомственной программы Федеральной таможенной службы по реализации Государственной программы «Патриотическое воспитание граждан Российской Федерации на 2006-2010 годы» таможня оказывает безвозмездную помощь лечебным учреждениям, книжным издательствам, детским домам и социальным приютам области.

Брянская таможня оказывает помощь в строительстве Кафедрального собора в Брянске, исторических памятников. Активно участвует в областных благотворительных программах, помогает ветеранам Великой Отечественной войны и инвалидам.